Dalam melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi, yaitu pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat, Ketua Stifar Yayasan Pharmasi Semarang dibantu oleh 3 orang Pembantu Ketua. Pembantu Ketua I Bidang Akademik, Pembantu Ketua II Bidang Administrasi dan Keuangan, dan Pembantu Ketua III Bidang Kemahasiswaan dan Humas.
Untuk Program Studi D3 Farmasi dan Makanan, D3 Farmasi, S1 Farmasi,dan Program Studi Profesi Apoteker, Ketua Stifar Yayasan Pharmasi Semarang dibantu oleh Ketua Program Studi dan Sekretaris Program Studi. Pelaksanaan kegiatan juga dibantu oleh Kepala BAU dan BAAK, Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat, Kepala UPT Perpustakaan, Kepala UPT Komputer dan Sistem Informasi, Kepala UPT Bimbingan Konseling, Kepala Pusat Laboratorium beserta jajarannya. Untuk mengontrol jalannya proses kegiatan dibantu oleh Ketua Lembaga Penjaminan Mutu.Selain itu, dibentuk Senat Sekolah Tinggi merupakan badan normatif yang berfungsi memberi masukan, nasehat, dan pertimbangan kepada pimpinan Stifar Yayasan Pharmasi Semarang.
